Eine gute Frage, aber: Eine latente Sprue ist nicht selten, Malabsorbtonsprobleme sind zu befürchten, wenn der histologisch erkennbare Prozess floride bleibt. Ferritinspiegel? Untergewicht? Eine Diät wäre m.E. jedenfalls empfehlenswert: es können Probleme "nachkommen". Vgl. auch z.B. http://www.medicoconsult.de /wiki/Coeliakie .

Bei einem fehlenden Ansprechen der Diät muß differentialdiagnostisch eine andere Genese der Zottenatrophie geklärt werden. Zunächst die wichtigste Frage der Compliance. Wird die Diät auch in letzter Konsequenz wirklich strikt eingehalten - oder gibt es Diätsünden, was bei der glutenfreien Ernährung gerne - auch aufgrund von Unwissenheit vorkommt. Zum Ausschluß einer anderen Genese der Zottenatrophie muß nach Ausschluß eines Diätfehlers eine immunologische Untersuchung der T-Zellen im Biopsat erfolgen, ob hier eine Monoklonalität vorliegt, was auf ein T-Zell-Lymphom hinweist. Ggf sollte dies an einem Zentrum mit Referenzpathologie geklärt werden wie beispielsweise in der Charité Campus Benjamin Franklin, Klinik für Gastroenterologie Prof. Dr. m. Zeitz. (nicht meine Klinik!!)und des Referenzzentrum der Pathologie für Lymphome an dieser Klinik. Eine weitere Frage ist durch meinen Vorkommentator bereits angesprochen: Führte die Zottenatrophie durch die Resorptionsstörungen zu Mangel z.B. eisen, Folsäure etc.

Zunächst: Einen IgA-Mangel als mögliche Ursache falsch negativer Antikörper haben Sie bereits ausgeschlossen?
Man würde von einer stummen Form sprechen und versuchsweise eine Diät erwägen, da hierunter vorher nicht als solche wahrgenommene Symptome verschwinden können. Über eine lebenslange Diät ist man sich freilich nicht einig. Eine Überwachung ist dagegen indiziert.
@Hamburg
Referenzpathologie (z.B. Prof. Stolte, Bayreuth oder Uni Erlangen) würde ich auch empfehlen; intestinale Lymphome sind sehr selten und gehen in der Regel mit einer refraktären Verlaufsform einher, was zu prüfen wäre.

Lit., d.h. eine Konsensusaussage hierzu bei:
Holtmeier W et al: Verlaufsformen und Definitionen der Zöliakie - Stellungnahme einer Expertengruppe der deutschen Zöliakie-Gesellschaft, Z Gastroenterologie 2005;43:751-754

Obligates Leitbild der Zöliakie ist die intraepitheliale Lymphozytose und nicht die Zottenatrophie. Das Stadium Marsh I bedeutet "intraepitheliale Lymphozytose ohne Zottenatrophie", Marsh II = "intraepitheliale Lymphozytose und Kryptenhyperplasie".

Mehr Informationen habe ich unter http://www.pathocast.blip.tv zusammengefasst (siehe dort Kapitel "Zöliakie").

Histologie ist sehr präzise, Kontrolle serologische Parameter sind angeraten